Program Studi Rekayasa Instrumentasi dan Automasi (RIO) merupakan bagian dari Fakultas Sains dan Teknologi (FST) Universitas Pattimura, yang menjadi hasil transformasi dari Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA). Akar sejarahnya berawal dari pembentukan Basic Science Unit (BSU) pada tahun 1988 melalui kerja sama Universitas Pattimura dengan Canadian International Development Agency (CIDA) dalam proyek Eastern Indonesian University Development Project (EIUDP). BSU menjadi embrio pendidikan sains dasar di Unpatti dan berkembang menjadi Fakultas MIPA pada tahun 1998.
Seiring kemajuan ilmu pengetahuan dan kebutuhan dunia kerja, FMIPA terus memperluas bidang studinya hingga akhirnya, berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia Nomor 24 Tahun 2024, fakultas ini resmi bertransformasi menjadi Fakultas Sains dan Teknologi (FST). Perubahan ini menandai era baru bagi Unpatti untuk mengembangkan ilmu terapan yang lebih relevan dan responsif terhadap dinamika teknologi global.
Dari semangat tersebut, lahirlah inisiatif pembentukan Program Studi Rekayasa Instrumentasi dan Automasi (RIO). Prodi ini dirancang untuk menjawab tantangan era industri 4.0 dan kebutuhan tenaga ahli di bidang instrumentasi, kontrol, dan otomasi sistem. Fokusnya adalah menghasilkan lulusan yang mampu mengintegrasikan sains, teknologi, dan rekayasa untuk mendukung berbagai sektor strategis seperti industri, energi, kelautan, lingkungan, dan penelitian berbasis teknologi.
Program Studi Rekayasa Instrumentasi dan Automasi (RIO) resmi memperoleh izin penyelenggaraan melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia Nomor 81/A/O/2025 tentang Izin Pembukaan Program Studi Rekayasa Instrumentasi dan Otomasi Program Sarjana pada Universitas Pattimura di Kota Ambon. Berdasarkan keputusan tersebut, Prodi RIO mulai menerima mahasiswa angkatan pertama pada Semester Ganjil Tahun Akademik 2025/2026. Kehadiran Prodi ini menjadi tonggak penting bagi Fakultas Sains dan Teknologi dalam memperkuat posisi Universitas Pattimura sebagai pusat unggulan pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi berbasis karakteristik wilayah kepulauan yang inovatif dan berdaya saing global.